三国时期，魏承汉代医官制度，有太医令、丞、尚药监、药长寺人监、灵芝园监等官职。《太平御览》引《玉匮针经序》中有吴置太医令的记载，蜀汉医制无考。

　　晋代承袭汉魏官制，设有太医令等职。据记载：晋代太医令铜印墨绶，统属于宗正，又有尚药监、药长寺人监。东晋时，省宗正合并于太常，原隶属于宗正的太医官属，后改隶于门下省。门下众事为为侍中所掌，这是后代以太医令隶于侍中的开始。

　　南朝医官，刘宋有太医令一人，丞一人，隶侍中。齐有太医令一人，丞一人，属起部亦属领军。《资治通鉴》记载齐有御师。梁有太医令一人，丞二人，属门下省。医学教|育网搜集整理又有太子官属的药藏局设置药藏丞。诸王国官属，有典医丞。郡县属吏亦有医职。《北史·姚僧垣传》载又有太医正之设。《册府元龟》记载梁以后，尚药职事由太医兼任，陈如梁制。

　　北朝医官，北魏有太医令等职，属太常。门下省设有尚药局，有侍御师。《魏书·官氏志》记有太医博士（七品下）和太医助教（九品中）之设。北齐有太医署，设太医令、丞等职，属太常。太子门下坊设有药藏局，置监、丞各二人，侍医四人。皇子王国各置典医丞二人。中侍中省设有中尚药典御二人，丞二人；门下省置尚药局，设典御二人，丞二人，侍御师四人，尚药监四人，尚书省、门下省和中书省内均设有医师。北周有太医下大夫、小医下大夫、小医上士、疡医上士、疡医中士、疡医下士、医正上士、医正中士、医正下士、食医下士、主药下士，均属于天官。鲁医上士、兽医中士、兽医下士，均属于夏官，其官品高者为正四命，低者为正一命。

　　由上述可知：此时期中央医官机构较前更为细密，特别是北周，不仅已细分为太医、兽医等七类，各类又再分阶，形成了自上而下的等级系统。这对医绩的考核管理和促进业务水平的提高，都是有利的。至于地方医政，除梁有郡县属吏亦有医职之记载外，其他不知其详。