作为基础医学理论研究的一个方面，清代于医史资料纂集、考证、评论等方面，有较明显的进步。例如《古今图书集成·医部全录》蒋廷锡等编纂，刊于1723年，其医术名流列传，以辑清初以前著名医学家传记共1200多则，为空前的全帙；而其选辑的艺文、纪事、杂论、外编等内容，亦多可作为医史资料参考，反映出不同时代医学面貌的一个侧面。而王宏翰所撰《古今医史》（1697年刊），医学|教育网搜集整理所记古今医家传略对古来神怪传说多所纠正，亦属难能可贵。至若徐大椿《医学源流论》，内多评骘古今医家、医著之文，言简而赅，切中肯綮，实可以短篇医史论文视之。复有王丙、字朴庄，于《吴医汇讲》卷九刊发考正古方权量说，对自古以来方书所用剂量从不同时代度量衡变迁角度及临床实际情况予以一一考证，既甚有益于临床，又为医学史的权量变迁源流论文，颇具科学性。清代又有许多医家、医话类著作，其中对医史文献资料等内容亦每多涉及，反映出医家们普遍对医史研究的重视和新的兴趣，此实是医学史作为一门新的科学必将脱颖而出的前奏。