慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作引起，也可因患麻疹、猩红热、流感、鼻窦炎引起。孩子会感觉咽部发干、痒、疼痛，有异物感，可以引起刺激性咳嗽，也会因扁桃体隐窝内的细菌作怪引起长期低热，食欲不振，神疲乏力。由于慢性扁桃体高度肿大引起上气道阻塞，可致张口呼吸、鸡胸，甚至肺心病。

·慢性扁桃体炎反复急性发作，或多次并发扁桃体周围炎。

·扁桃体过度肥大，妨碍吞咽、呼吸及发声。

·慢性扁桃体炎已经成为病灶，或与邻近器官的病变有关。

·白喉带菌者、保守治疗无效时。

·各种扁桃体的良性肿瘤，可连同扁桃体一起切除。

过去对慢性扁桃体炎的治疗主张用手术切除法，但是近年有人认为扁桃体是一个免疫器官，可以产生分泌性IgA，有抑制细菌在呼吸道生长扩散的作用，对病毒亦有中和及防止扩散作用。目前的共识是，6岁以下的儿童扁桃体有重要的生理功能，随意切除将降低机体免疫功能。扁桃体在3—5岁时免疫功能最活跃，不能轻易摘除扁桃体，是否需要手术切除，应该遵从医嘱。