虽然他在外科手术方面卓有成效，但他丝毫不排斥内服方药，甚至他在治疗内外妇儿各科时更加注重的还是内服汤药。

这点在他的著作中可以看到，如他的《春林轩撮要方筌》自中风至小儿科，所用的都是中医方药。他在《产科琐言》中既承认西方手术的长处，又增补了很多有巨大作用的中药方。

在外科方面，他特别推崇中国明代陈实功的《外科正宗》，对很多外科病采用中药药膏及熏药疗法，而不是搞一刀切。

他曾说过这样一句话：凡欲为外科，当先精内科，不然无益于治术。今有患疮疡者，有阳虚者，有血虚者，有气血同虚者，当视此投药并治。

华冈青洲教弟子做的紫云膏

既能做外科手术，还会分辨阴阳气血的虚实，即会操作手术刀，还能写出《伤寒论讲义》，由此可见，他是真正实现了中医内科与西医外科合二为一的人。

从这点来说，将他比作华佗是极为精当的，而他也极为崇拜华佗，将自己的著作命名为《青囊秘术》，直追华佗的《青囊经》，而自己的麻醉药也沿用的华佗首创的麻沸散之名。