良性肿物如口咽及下咽部乳头状瘤、纤维瘤、血管瘤、脂肪瘤、平滑肌瘤、神经鞘瘤等，口咽及下咽、鼻咽、喉、食管的恶性肿瘤如鳞状细胞癌、肉瘤、淋巴瘤等。口咽及下咽、鼻咽及喉部病变可通过耳鼻咽喉科专科查体、鼻内镜及纤维喉镜予以发现；早期的食管癌患者在出现吞咽功能障碍以前，常仅有咽部不适或胸骨后压迫感，较易与慢性咽炎混淆，应行食管造影、食管镜检查予以确诊。对中年以上的患者，若无既往明显咽炎症状，出现咽部不适时，应行相应的详细检查。

3.茎突综合征、舌骨综合征及咽易感症

可有相同的咽部症状。通过触诊、茎突及舌骨X线片、颈椎X线片及CT扫描与慢性咽炎鉴别。

4.肺结核

除伴发咽部结核以外，肺结核的患者通常也伴有慢性咽炎。

5.丙种球蛋白缺乏症

此病好发于儿童及青年，有反复发生急性或慢性呼吸道炎症的病史，其咽部变化为淋巴组织明显减少或消失。