1.脑和脊髓的各种疾病：包括畸形、炎症、梗死、出血、肿瘤等。对垂体微腺瘤、听神经瘤、内耳病变、视神经病变、三叉神经病变，白质病变、脑干及脊髓病变，小脑扁桃体畸形、脑血管畸形等疾病，磁共振是首选的检查方法。

2.椎间盘病变：包括退变、炎症、突出、膨出等，可清楚显示椎间盘的形态和病变对脊髓、神经根的压迫情况。

3.关节病变：包括半月板损伤、韧带损伤、软骨病变、滑膜病变、关节盘脱位等其他检查难以明确的病变。

4.骨髓病变：包括骨转移癌、骨髓炎、骨髓瘤、股骨头坏死、白血病的骨髓浸润等。

5.实质性脏器病变：如肝、脾、胰、肾和各部位软组织病变，特别是胆、胰管成像和尿路成像是其他设备无法替代的。

6.心脏和大血管病变：包括主动脉夹层、腹主动脉瘤、布-查综合征、各种心肌病等。

7.胆道与尿道疾病：包括结石、肿瘤、畸形、炎症等。