细菌从身体内的感染灶（如扁桃体炎、鼻窦炎、龋齿或皮肤感染等）侵入血流，到达肾脏，先在肾皮质引起多发性小脓疡，然后，沿肾小管向下扩散至肾乳头和肾盏、肾盂粘膜，但炎症亦可从肾乳头部有轻微损伤的乳头集合管（如尿中的结晶损伤）开始，然后向上向下扩散。血行感染途径较为少见，不及10%.血行感染比较多见于新生儿，或金黄色葡萄球菌败血症患者的血行性肾感染。

（3）淋巴道感染：

下腹部和盆腔器官的淋巴管与肾周围的淋巴管有多数交通支，升结肠与右肾之间也有淋巴管沟通。当盆腔器官炎症、阑尾炎和结肠炎时，细菌也可从淋巴道感染肾脏。这种感染途径更为少见，甚至于这种感染途径是否存在，目前也有争论。

（4）直接感染：

外伤或邻近肾脏的脏器有感染时，细菌可直接侵入肾脏引起感染，但是，这种情况临床上是十分罕见的。