从明代缪希雍《本草经疏》起，明清在药物理论探讨上出现了新的变更，其中有言本草必宗《本经》的尊经派，着力阐发《神农本草经》的药物机理；有致力于《神农本草经》原文的辑复工作的；还有以张仲景所用药物为研究对象，注疏经方药物的。这种尊经复古倾向的产生与清代整个医学界的复古思潮有关，与清政府禁固思想文化而产生的乾嘉考据学风也有关。

　　1、注疏《神农本草经》药物为主的本草著作

　　《本草祟原》为张志聪的未完稿，经其门人高士继续完成。他们从药物生成、形色性味及与病因病机之间的关系入手分析药理，切于实际，通俗易晓。

　　清代中叶另有姚球撰有《本草经解要》一书，论药着重在药与症相应。把药物气味功效与人体脏腑功能紧密结合，与《本草祟原》殊途同归。

　　乾隆年间著名医家除大椿撰集了《神农本草经百种录》，从辨药物之形气监督来探讨药性，研讨精深，多有新意。他针对当时一些不明药性、滥用药品的时弊予以抨击。

　　陈修园撰写《神农本草经读》时常结合张仲景用药法，并结合自身丰富的临床经验，颇有建树。综上各家的共同特点都是在理论上尊经崇古，但由于以上著作多出于临床经验丰富的名医之手，故有不少宝贵的用药经验体会，颇有新的见地，所以流传较广。

　　2、对《神农本革经》等的辑复工作