研究中，王玉川发现，《内经》同一篇中常会出现两种不同的观点，令人困惑。为此他翻遍了校图书馆所有藏书，写下几百万字的笔记，从1979年开始相继发表论文30多篇，许多观点得到同行认可和赞誉。他倡导五行学说的多学科研究，对《内经》气血循环理论有独特见解，正确认识和评价了运气学说，解开河图洛书之谜。

　　在这些老先生中，玉川老的理论水平相当高。北京中医药大学严季澜教授评价说。这凝结着王玉川心血的几十篇高水平论文，不止当年在全国产生重要影响，今天读来，仍令人感叹语言之泼辣，观点之新颖，论证之严密。要知道，研究阴阳、五行、气血这些基础理论，绝不是一门学科的问题，而是关系到整个中医药大厦的理论基石。

　　承古而不泥于古，注重创新，是贯穿王玉川研究中医理论的一条主线。比如，他论述阴阳学说的演变，认为从《周易》的一分为二、二分为四，到中医学中的三阴三阳，是古代医家为适应医疗需要的一种改进，用三阴三阳能更精确地区分阴阳能量的盛衰多少。那种把三阴三阳的性质和次序认为是不能变动的死板的规定，是不符合实际的。

　　多年来，辨证论治被视为中医特色的重要标志，但是，王玉川认为这种提法并不合适。首先，辨证论治的统治地位是在牺牲了同方异治的宝贵经验，扼杀了寻找广谱有效方药的热情之后才取得的；其次，辨证论治的辉煌成就使人们的思维陷入永恒不变的公式之中，在辨证论治的圈子里打转，与创新的客观要求越来越远。他认为，那种认为辨证论治可解决一切问题，如果解决不了只能怨自己没有掌握好的思想是一种现代迷信，是只求稳定不求上进的表现。