《温疫论》还提出了传染病的传染途径是有天受，有传染。天受就是空气传染，传染就是接触传染。所以书中注明凡人口鼻通乎天气呼吸之间，外邪因而乘之。《温疫论》认为传染病流行形式可以是大流行，也可以是散发的。

《温疫论》在传染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量论述都十分科学。尤其在17世纪中叶细菌学出现之前，《温疫论》提出了：夫温疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感，这种异气即戾气。这种学说是十分先进的。《温疫论》对温疫的免疫性的论述也确是十分令人敬佩。书中说：至于无形之气，偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟；鸭瘟，岂但人疫而已哉？然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异。真是一段绝妙的阐述。

《温度论》记载了不少治疗传染病的新方法。如书中认为传染病初起宜用达原饮，等到病深；些，即所谓邪毒犯胃时，即不厌急证急攻。这些方法都为后世传染病的治疗奠定了基础。

《温疫论》对后世的影响很大，清代一些著名医家如戴北山医学|教育网整理、杨栗山、刘松峰、叶天士、吴鞠通等，都或多或少地在《温疫论》的基础上有所发挥，有所创造。我国历代医家在与传染病斗争的实践中创造了温病学说。温病学说，渊源于《内经》，孕育于《伤寒论》，产生于金元，成熟于明清。在温病学说的发展过程中，《温疫论》作为我国第一部治疗传染病的专著的贡献是很大的。直至今天，我国应用温病学说的理、法、方、药治疗一些传染病，如流行性乙型脑炎、流行性感冒、麻疹、猩红热、痢疾等，取得了很高的疗效。而其中很多地方就是继承和发扬了《温疫论》的理论和经验。