傅青主与儿子傅眉感情深厚，令人感动。傅青主27岁时，其妻不幸去世。当时，他的儿子年仅5岁。他发誓不再娶妻，与儿子相依为命，艰苦度日。他时常与儿子同乘一车，外出采药卖药。晚上，父子二人围坐在灯下，父亲就为儿子讲授文学、医理。后来，傅眉也精通了文学和医学。在傅青主流离在外和隐居的生涯中，傅眉一直相伴在他的身边。在隐居晋祠期间，傅青主与傅眉都喜欢在晋祠的齐年古柏之下散步。傅青主为齐年古柏书写了晋源之柏第一章的题字，表达了他对古柏的喜爱。傅眉则写了一首《古柏歌》：左柏右柏幽影寒，客子徘徊于其间;右柏左柏幽影淡，客子歌罢高云散。傅青主对之颇为欣赏。

傅青主在年近80岁时，与其相依为命的爱子傅眉竟先他而逝。经受不住晚年丧子的巨大悲痛和打击，傅青主在数月后也溘然辞世。傅青主下葬时，仍然身穿朱衣。有数千人参加了他的葬礼医学|教育网搜集整理。

傅青主辞世距今已有300多年了，人们并没有忘记这位杰出的医学家、文学家。在傅青主曾隐居过的山西晋祠，修建了傅山（青主）纪念馆，馆内有傅青主的雕像。他隐居的云陶洞（又称茶烟洞），也依然在供游人观瞻，并被命名为石洞茶烟而成为晋祠的八景之一。