在学术思想传承方面，桃李满园、成效显著。他的弟子遍布医疗、科研、教学、生产、经营等多个领域。1990年起共带徒6名。2012年，与王永炎院士合作担任医药圆融导师，共收博士及博士后9人。2013年被国家中医药管理局遴选为传承博士后合作导师，带博士后1人。

金世元多次向国家有关部门献计献策，他撰写的关于中成药组方和生产的几项建议受到原卫生部的重视和采纳，对于澄清中成药生产的混乱现象，保证用药安全起到积极的促进作用。1995年至1998年，被聘为中药鉴定专家，参与全国中药材市场整顿工作。

金世元从事中医药工作70余年，热爱祖国、忠于事业、崇尚医德、恪守药德；学术成果丰硕，学术传承成效显著，广受业内赞誉，为中医药事业的传承、发展做出了积极贡献。