1930年代中期以前，是民国中医学校办学的高潮，但战事一起，学校无不受到冲击。但各地中医药界人士仍想方设法利用条件，坚持办学。

上海各校孤岛办学

1937年日军进攻上海，淞沪抗战爆发。英勇的中国军队抗击日军数月，后来不幸陷落。不过由于上海租界在外国管治之下，暂时未受波及，成为避难之所，当时都有孤岛之称。当时，不少中医学校迁入孤岛，坚持办学，继续培养医学人才。

战乱初起，办学最久的上海中医学院即通知学生改到租界的珊家园开学，不久又搬到国医大厦，同时附设的华隆医院也位于法租界内。在战乱中该校仍保持了200多人的规模。当时的办学条件艰难，全赖院长丁济万独力支撑，何时希回忆：尤可佩者为院长丁济万师，当日寇纵横之际，虽各地人口散沪，又值灾乱，疾病蜂起，丁师医务鼎盛，然中医学院先由老西门迁至天津路，又迁成都路，物价腾涨，教师俱是同学及弟子行，都不便为生活而启齿，然不能不为及时调整薪水……而求无不应，此诚作育人才之苦志，及体贴人情之慷慨，试思1938——1945年八年间，独立支撑，艰辛竭蹶，诸同事亦共济同舟，休戚与共，此种办学精神，值得大书一笔，以存历史。

另一所中医学校上海中国医学院，在原闸北的校舍失陷后，不久也在租界也择地恢复办学。并且规模也逐渐壮大。但学校也存在经费问题，合资主办者马问我、朱文明等人因经费不足，将学生们交纳的学费和食宿费分掉，院长秦伯未愤而辞职，学生频频集会抗议。1940年5月，由该校毕业生组成的中国医学院毕业同学会以吴克潜为首组成中国医学院护校委员会，代理学院的各项行政工作，后朱鹤皋受邀出任院长，积极筹集经费，整顿院务。虽然条件简陋，有时甚至要在天井搭帐篷上课，但终究能维持办学不辍。

另一间上海新中国医学院在朱小南主持下也在租界坚持了下来，朱小南在为毕业生致辞时说：吾人生不逢辰，罹兹多难。兴邦之责，所在攸归。……诸生研习医学，与其局促于孤岛，曷若效力于后方。盖值此大战孔殷之时，各地灾黎遍野，疾病尤多，医药救护，确实需人。诚能决心奔赴，定供不应求。（《新中国医学院第三屈毕业纪念刊序》）鼓励学生到后方效力。

除了老校，孤岛时期还有时逸人先生新办的复兴中医专科学校，张赞臣创办的上海国医专修学校等。