唐太宗闻言大喜，对孙思邈说道：孙先生果真医理精深，妙手回春，确实是当代名医！今日医好中宫疾病，生了皇子，要算奇功一件，寡人有心留你在朝执掌太医院，不知你意下如何？

孙思邈不愿在朝为官，立志漂泊四方为广大人民群众舍药治病，并撰写《千金方》济世活人。于是他向太宗陈述了自己的志愿，婉言谢绝了太宗赐给的官位。太宗听了，也就不好强求挽留。赐给他冲天冠一顶、赫黄袍一件、金牌一面、良马一匹和千两黄金、绸缎百尺。并大摆宴席，一来欢送孙思邈，二来庆贺皇后病愈生下皇子。但孙思邈又拒绝了太宗赐给的黄金绸缎。唐太宗深为孙思邈的高尚品德和为人处事的精神风貌所感动，同文武百官将他送出皇城，任他去名山大川采集药材，为黎民百姓救死扶伤，任何人不得阻拦。

唐太宗十分欣赏孙思邈，后来还曾亲临华原县五台山去拜访孙思邈，并赐他颂词一首。直到现在，药王山南庵内还留有唐太宗御道、拜真台、唐太宗赐真人颂古碑一通等。