三九感冒灵颗粒物是一类非处方药品，安全系数较高，在一切正常服食的状况下，一般非常少出現副作用，仅仅会觉得困乏、总想睡觉、口干、孱弱感这些。但是有时候会出現皮疹、荨麻疹、药热及粒细胞减少等病症。但是一般而言，服食999感冒灵颗粒還是较为安全性的，要是依照使用方法使用量服食，一般不容易有害副作用。

但是，常常喝三九感冒灵颗粒物可会造成 肝肾功能出现异常。此外，反复服药可能产生流血，急性肾衰、总想睡觉、疲惫、口干舌燥、尿少、贫血、肾绞痛、胃痛、容易出汗、膀光颈梗塞、焦虑不安兴奋、焦虑情绪、激动、失眠、头痛。因而，不建议常常喝三九感冒灵颗粒物。