注射用阿莫西林钠氟氯西林钠的副作用比较普遍，包含皮疹、药物热、哮喘等，偶可能造成过敏性休克。包含恶心想吐、呕吐、腹泻等反映，少许伪膜性结肠炎。

肝病毒：极少数病人使用药物后出現ALT、AST提高，也是有亚急性肝脏胆汁淤积症的报导。偶有亚急性间质性肾炎的报导。大使用量静脉注射氟氯西林可造成头痛、抽动、惊厥等中枢神经系统反映，此反映尤易常见于肾功能衰退病人。

偶有激动、焦虑情绪或失眠的报导。偶有中性粒细胞降低、嗜酸粒细胞增加、血小板低或溶血性贫血的报导。大使用量使用药物能致肠道菌群失调，出現由滴虫或多重耐药菌造成的二重感染。