但是也有许多原因都是造成口臭。普遍原因之一是牙齿疾病。医生介绍，口腔中若有未医治的龋齿、残存牙根、残牙、牙周炎及口腔黏膜病等可造成口臭。这是由于龋坏窝洞内、欠佳修补体悬突下常残留食物残留和牙斑菌，病菌历经发醇溶解，造成异味。牙周病人常伴随很多的牙结石、牙斑菌，牙周袋内病菌发醇造成氯化氢和氨类等而造成异味。

此外一普遍原因则是消化道病症。权威专家表明，如消化不良、胃病、胃溃疡、十二指肠溃疡、肠胃代谢紊乱等都可能出現臭味;幽门梗阻、末期胃癌常出現臭鸭蛋性口臭。

除开这两个普遍的原因外，此外一些口腔相邻组织病症，如化脓性扁桃体炎、萎缩性鼻炎等，都可以造成脓性分泌物而发臭;糖尿病酮症酸中毒病人可呼出甲苯味汽体;尿毒症病人呼出来烂苹果味道。此外败血症、维生素缺乏、重金属中毒等病症均可造成的口臭。