遵照医师药方应用二甲基亚砜出現副作用的几率很低。普遍的副作用包含部分皮肤干，眩晕，恶心想吐和呕吐等。有时候会出現过敏症状，并有可能造成皮肤感染和呼吸不畅。一些科学研究还觉得大使用量应用二甲基亚砜非常容易进一步导致肝脏和肾脏功能问题。

在一些保健产品经销店能够购到非药方二甲基亚砜。但一般 不建议不咨询医师就立即应用这类乳膏或营养成分补充剂，由于对这种非处方药品物的功效都还没深刻认识。这种药物所含特异性成份也各不相同，过多应用很有可能危害超过益处。除此之外，这类化合物还会继续提升或改变别的药品实际效果，造成难以预测的负面信息影响。