另外，整体灸治过程中患者会出现一些大小便异常的反应。在灸治一定疗程之后，患者小便中会出现白色沉淀物，这是排泄积滞、病邪消散的征兆。另外患者常会大便增多，有的呈黑色球形硬便，有的呈黑色柏油样便，有的呈白色黏脓样大便，也有的呈水样便，这些是患者肠中积滞通开、湿浊通下的表现，这些积滞和湿浊聚于体内是人体致病的主要病理因素，当这些积滞被排出之后，患者的精神体力会明显恢复，食欲也大增，疾病明显好转。临床也发现，当灸治慢性或难愈性消化系统疾病时，多数患者会经过腹内气机和大小便的不同反应变化过程。

其实艾灸的不良反应较少，只有少数患者于灸后可出现头晕、乏力、纳呆、过敏等现象。部分患者初灸时有头晕症状，特别是初灸百会穴时头晕症状明显，这是因为患者经络不通，瘀滞严重，所以初灸时，火性炎上或积聚于上引起头晕，这种情况可减少灸量，同时，继续灸2～3天后观察，头晕症状减轻或好转则可继续施灸，并可逐渐增加灸量，但如果头晕加重，则先灸人体下部穴位，待下元灸通之后再灸人体上部穴位。部分患者平素体质是胆火盛，胃阴虚，平时胃酸过多，这类患者灸足三里穴时会有口苦胃反酸的现象，对这种体质的患者可灸阳陵泉代替足三里。

有部分文献报道了艾灸过敏的个案现象，指出艾烟引起的相关过敏症状主要有扁桃体肿大、咽痒、目痛、咽鼓管痒和昏睡，有时还有胸中发热或烦躁等症状，中止艾灸治疗或离开艾烟环境后过敏症状消失。减少艾灸过敏的一个重要措施就是尽量减少艾烟量。若施灸过程中，患者出现异常反应，如头晕眼花、乏力较重、胸闷、心慌、出冷汗等，反应剧烈，须及时就医处理。