胃肠镜查验发觉变病时，操作者根据穿刺活检钳，取变病的组织来开展病理生理学查验，明确变病的特性，现阶段胶囊内镜没有办法保证这一点。胶囊内镜的健身运动彻底是处于被动的，当消化系统内有构造出现异常，例如大的溃疡、或是肠腔向外突显产生憩室时，胶囊内镜很可能会卡在溃疡或憩室之中不出，此刻，就需要借助别的方式例如传统式内窥镜乃至手术治疗来取下胶囊内镜。

此外也有一些患者是不适合做胶囊内镜的：比如结肠癌造成肠管狭小、克罗恩病合拼回盲部狭小的患者，胶囊内镜有卡在变病狭小位置没法根据的风险性。

做为一项没有疼痛感、易实际操作的查验方式，胶囊内镜一直在持续的发展趋势，伴随着它的一些缺陷还可以根据技术性的发展趋势一项项被摆脱。我们有原因坚信，在将来，会出現可以控制运作方位、而且可以取穿刺活检的胶囊内镜，能够取代胃肠镜查验。