但是，使用药物的结果往往只是减轻了病痛的“假象”，药物（特别是内服药物）其实也必须通过身体自愈系统的调节起作用。俗话说“是药三分毒”，真正无任何副作用的药物是极少见的，而身体各部分的平衡运行才是健康的终极标准。

如果说药物的副作用仅仅是干扰了人体的正常调节，那么长期使用化学药物而产生的耐药性则会使病越治越多，药越来越不好使。耐药性又称抗药性，指病原体对药物反应降低的状态。如果长期使用抗菌药物，一旦应用剂量不足，病原体就通过产生使药物失活的酶、改变膜通透性阻滞药物进入、改变靶结构或改变原有代谢过程而产生耐药性。总之，耐药性严重者，多种抗菌药物都对其失效。

随着抗生素的应用日益广泛，细菌对一些常用药物表现出程度不同的耐药性。越是使用时间长、应用范围广的药物，耐药性就越严重，致病细菌会大量繁殖，正常菌群被破坏，容易引起二重感染。

如四环素、头孢菌素、氯霉素等，可引起细菌间正常菌群平衡的破坏，出现白色念珠菌及抗葡萄球菌的繁殖，引起继发性二重感染，如鹅口疮、霉菌性阴道炎等真菌感染。

除了抗生素之外，止痛药也会造成耐药性，导致慢性成瘾。一些止痛药，病人长期服用就会产生药物依赖，药物越是高效，这种依赖就越严重，其中需要特别注意的是以曲马多为代表的中枢性止痛药。另外，止痛药还会掩盖病情，使病情在不觉中恶化，或者引起很多过敏反应，如哮喘、荨麻疹、过敏性鼻炎等，比如阿司匹林、消炎痛就会可引起哮喘。近年来临床研究证明，不合理使用二类精神药品也会成瘾，因此，在使用时应该注意。

据报道，德国明斯特大学的调查表明，滥用止痛剂能引起肾脏病。明斯特大学的利宋教授说：在原联邦德国，肾脏病患者中有三分之二是滥用药物引起的，尤其是妇女，偶感头痛或身体不适便服用止痛剂，其实就埋下了祸根。他还说，长期服用止痛剂，会使体内不能制造出输送氧气所需要的足够的血红蛋白，进而便引起肾病以至肾功能衰竭。更为严重的是，滥用止痛药甚至诱发某些肿瘤，会置人于死地。

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