抗战全面爆发后，由于医护人员严重不足，政府大力吸收中医参加救护工作。在国民政府首都南京，中央国医馆应抗战需要，很快组织了中医救护医院与中医救护大队。中医救护医院由赈济委员会与中央国医馆会同设立，收容治疗前线伤兵数千人，举凡切伤刺创擦伤裂创搔创枪创弹片创等，经本院伤科医师治疗，获效既众且捷，尚有一部分负伤官兵，于秋阳烈日之中，或受湿热之郁蒸，兼发痈疽疔疮者，为数亦颇多，皆均应用中药而臻全治。南京陷落后，中医救护医院随政府西迁重庆，改名为中医救济医院，继续在大后方发挥作用。

　　各地中医参加救护队也很踊跃。上海设立了中医救伤医院和国医药界救护队，湖北成立了国医药界战地后方服务团，江苏计划训练全省中医消毒、防毒、外伤、野战救护等技术，35岁以下之中医，均须受训。在广州，广东中医药专门学校、光汉中医专门学校增设了战伤救护系列课程；广州卫生局公告组织跌打医生北上救护团，由局征求市内对枪火伤救护功效素著之医生参加，准备北上前线服务。

　　难苦的救护工作

　　由于中医救护卓有成效，得到了抗战军民的肯定。中医全方位地参与了抗战前后方的工作——

　　1939年国民政府军事委员会后勤部会议中，湖南伤兵管理处专门提议请各机关采用中医中药治病；国民党第二战区司令长官阎锡山在其部队中成立了中医治疗所，不惜以高的薪水和待遇招聘中医和针灸医生；在战时广东省会韶关，1941年省临时参议会第六次会议通过了4个关于中医药的议案。其一为请省府举行本省中医考试，以扶植中医人才，而促进卫生要政案。其二为提请筹设省立中医专门学校，以培养中医人才，而保民族健康案，提出太平洋战争爆发，西药来源断绝，为适应当前急需，拟请筹办省立中医专门学校，作育中医人才以增进国民康健。其三为加强本省中医审查委员会组织，严厉取缔庸医及神方，甄别中药配剂人员，以重卫生而保民命案。其四为创设省立国产药物制炼厂，以增抗战力量，而利国民经济建设案。中医接受训练参与了各种社会救护工作。

　　1944年，重庆国民政府还出台了《中医师担任后方征属及患病官兵医疗服务办法》，要求各地中医师公会负责编组中医师服务队，对征属和官兵实行免费治疗。

　　除了战伤治疗，中医药对防止传染病等也有积极作用。抗战期间，由于金鸡纳树的主产区东南亚被日军占领，治疗疟疾的特效药奎宁缺乏来源，1939年夏，中央药物研究所在昆明设立门诊，试用云南草药白枪杆根皮粉治疗疟疾，共治疗19人，为研究新的抗疟药物打下基础。1941年四川省国医分馆编制国医防治时疫宣传大纲，针对霍乱、痢疾拟定中医方药，广为印发，为防疫做出了贡献。