中医的病因学说，自春秋以迄六朝，医学的发展基本上已形成了千般灾难，不越三条的概念，奠定了三因学说基础。即以六淫为内容的外因学说、以七情为内容的内因学说和以虫兽、房室、刀刃伤为内容的不内外因学说。隋唐时期医家本着医之作也，求百病之本而善则能全的精神，在医疗实践中作了新的探索，在病因学和症侯学方面均有显著进步。其特点为：开展一个病一个证候的研究，注意客观证状的描述：以证候分类，注意同类间的鉴别；证候与病因结合、证候与脏腑联系；并注意预后的分析。

　　一、逐个病研究，探索病因

　　对病因证候学的研究，隋·巢元方《诸病源候论》之成就最为卓越。该书分为67门，载述疾病病源证候共1739论，是我国最早的病源证候学专著。《千秋要方》、《千金翼方》和《外台秘要》也多先论病因证候，后述治疗医方，对临床各科疾病广收博采，对每一病证逐个深入研究，在病因方面多所发现，或则以其新的认识，提出相当符合实际的推断，是我国最早的病源证候学专著。《千金要方》、《千金翼方》和《外台秘要》也多先论病因证候，后述治疗医方者。

　　（一）乖戾之气学说

　　《诸病源候论》在对伤寒、时行、温病等的研究中，发现了这些病都由乖戾之气引起，如，伤寒、时行、温度在隋唐以前也有论及，唯葛洪在《肘后备急方》，中提到了温病是其年岁中有病气兼挟鬼毒相注而成，号曰疠气，但挟鬼毒，尚未完全脱离鬼神为病之迷信观点。而《诸病源候论》已不满足以外感六淫说明外感病之病将伤寒、温病、时行均明确归因于人感受乖戾之气而致病，气候之温凉失节是一个诱因，并认识到这些病之有传染性。

　　（二）虫致病学说

　　虫，作为病因之一，前人多指肉眼可见之虫类咬螫所引起者。如蜈蚣螫伤，蜂叮咬之类，隋唐医家对诸如尸注、鬼疰、麻风等病均认为是虫引起之病，这就超越前人认识的广度和深度，而赋于虫说更深更新的意义。