（一）太医院的设置

　　朱元璋自称吴王之初（1364），即仿元制设置全国性的医药行政管理机构——医学提举司。司中设有：提举、同提举、副提举、医学教授、学正、官医和提领。吴三年（1366年），改医学提举为太医监，设少监（正四品）、监远（从五品）。洪武元年（1368），仍设太医院，职官设置亦无大的变动。医|学教育网搜集整理当时无御医一职，洪武六年（1373）始设御医。

　　（二）南北两京太医院

　　明代太医院分为南京、北京两处。

　　洪武元年（1368），南京太医院设有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年（1381）改设太医令1人，太医丞1人，吏目1人，御医4人。洪武二十二年（1389），又改太医令为院使，太医丞为院判。永乐十九年迁都北京后，南京太医院仅设院判、吏目各1人，掌管医事，下设医士和医生。同时于北京建太医院，设院使1人，院判2人，御医4人（后增至18人），吏目1人。隆庆五年（1571）设御医10人；吏目10人，下设医官、医生、医士若干人。

　　两京太医院均设有生药库，设大使、副大使各1人，掌管药物。每年药材由产地派人解纳，按药材的质量、炮制、燥湿程度分类。由太医院御医和药库大使辨验入库，礼部派人监放并登记造册，一式两份，一留太医院备案，一送礼部查考。生药库年入库量很大并逐年增加。

　　（三）太医院的分科