明代太医院分为13科，即大方脉、妇人、伤寒、小方脉、针灸、口齿、咽喉、眼、疮疡、接骨、盎镞、祝由、按摩，同元代13科相比，风科改为伤寒，金疮分为金镞和疮疡两科，杂科改为按摩，取消了禁科，较前代更适合临床需要。

　　太医院要求御医以下各专一科。隆庆五年（1571）太医院有御医、吏目共20人，统领13科，每科由一到数名御医或吏目掌管，下属医士和医生，各科御医或吏目人数为：大方脉5人，伤寒4人，小方脉2人，妇人2人，口齿、咽喉、疮疡、正骨、痘疹、眼科、针灸各1人，下属医士医生70余名。

　　（四）太医院的职能

　　1、医疗保健

　　太医院御医以上每天分两班在内府御药房值班，为皇帝及内宫嫔妃服务。遇皇帝出巡，太医院医官作为随行，沿途为皇帝、随行官员和侍卫作保健服务。

　　各亲王府、藩王府及接待外宾的会同馆均设有医官，他们遇有疑难病症，常向太医院请求医药方面的帮助。明代规定，各王府请医，不能直接向太医院提出，须上奏皇帝，医|学教育网搜集整理经批准后由太医院奉旨派遣医官或医士前往诊治。文武大臣及外国酋长有病，太医院亦奉旨往视，将治疗结果具本覆奏。发现疫情，太医院有向军队、监狱、边关隘口等处派遣医官治疗的任务。

　　2、医官的任免与派遣