除此之外，王文奎又开始面对一个新的难题，中医抗艾滋。从现代医学的观点来看，艾滋病是一种严重的细胞免疫缺陷所引发的获得性免疫缺陷综合征，症状涉及发热、咳嗽、厌食、腹泻、淋巴结肿大、疱疹等数十种。但王文奎指出，虽然艾滋病的临床症状复杂、繁多，病性危重且多发多变，但其辨证实体也离不开五脏，在治疗中，首先要把恢复和健全五脏功能作为首要目标和治疗手段。在这一理论的指导下，王文奎所诊治的病人都有不同程度的好转，有的临床症状基本消失。由于资金紧张，药品数量有限，很多患者都带着铺盖在临时搭建的办公室里排队，说不给王文奎大夫的中药就不走了。

在非典、艾滋这些现代医学都暂时一筹莫展的时候，以王文奎为代表的中医积极运用相关的理论尝试去治疗，获得了不错的成绩。而且王文奎还总结了自己40年的临床经验，并结合家传中医200多年的积累，在《黄帝内经》理论的指导下，创新提出五脏阴阳辨证纲领和万病归宗理论，把中医的理论和临床推向了一个新的进程。王文奎对于中医理论的研究、中医实践的探索以及在推动中医在现代继续向前发展做出了巨大的贡献。