HPA轴与神经科学所涉及到的心态混乱（mood disorders）和官能病症都是有一定关联，例如焦虑症(anxiety disorder), 躁郁症(bipolar disorder), 失眠(insomnia), 外伤后精神压力焦虑不安综合症(post-traumatic stress disorder), 专注力不够过动症(ADHD), 抑郁症(major depressive disorder), 怠倦(burnout), 漫性疲劳综合征(chronic fatigue syndrome),纤维肌痛(fibromyalgia), 过敏肠综合症（irritable bowel syndrome），和嗜酒（alcoholism）。 抗抑郁药物（Antidepressants）便是关键对于HPA轴，调整其作用的药品，这也是医治很多病症的基本、常见药品。