全书分内外集，自谓医能知此内外门户，而后可以设法治病，不致循蒙执方，夭枉人命，故题之曰《医学入门》。共9卷。得首载医学略论、医家传略、经穴图说及运气、保养等。卷1为经络、脏腑、诊法、针灸。卷2～3为本草、六气为病、疾病用药、食治等。卷4～8为内外妇儿诸科证治和急救方。

　　本书正文为歌赋，以注补充阐述。注文引录各家之说，附以己见，书末为习医规格，论述对习医者的学习与医德修养要求，强调医者应有扎实的理论基础与广泛的专业知识，应忠于职守。

　　八、《赤水玄珠全集》

　　《赤水玄珠全集》简称《赤水玄珠》，又名《孙氏医书三种》，孙一奎撰。刊于万历十二年（1584）。现存刻本有明副本、四库全书本、1914年上海著易堂书局铅印本、1986年人民卫生出版社点校本等10多种。

　　全书共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76门，论述内外妇儿各科病症，每门再条分缕析，分述因、证、治方、附诸家治验。本书以明证为主，广辑《内经》及其后170劝余种医著，结合自已经验，编撰成书。

　　《医旨绪余》2卷，为《赤水玄珠》续编。上卷44篇，下卷26篇。集诸家之说，辨论脏腑、气血、经络、腧穴。阐述太极、阴阳、五行，解释命门、相火、三焦之意。对前代诸家学说，评述较为公允。

　　《孙氏医案》又名《孙文垣医案》，5卷。由子泰来、明来及门人余煌等整理而成。按孙氏行医地区顺序编写，分《三吴治验》2卷、《新都治验》2卷、《宜兴治验》1卷。共集医案300多例，各案以时间为序，少叙医理，多论证治，与前两书相辅相成。