核型分析

将待测的细胞的染色体按照固有的染色体形态特征和规定，进行配对、编号和分组，并进行形态分析的过程。核型分析可以从宏观上分析23对染色体一些可见(一般10Mb)的染色体异常情况，但是对于小于10Mb的结构异常就无法发现。尽管准确度较高，但是技术本身操作过程较繁琐，工作量大，且细胞培养存在母源污染和失败风险（20%-40%），一次统计分析的细胞数一般不超过50个，无法避免人为误差。

荧光原位杂交技术

荧光原位杂交技术（Fluorescent In Situ Hybridization，FISH）利用荧光标记的DNA探针，与分裂间期或中期细胞杂交，对染色体进行检测。相对于传统核型分析，FISH检测周期短（约24小时），精度高（可达1Kb）。但是，该方法目前不能检测全基因组的所有23对染色体，只能检测其中的5-9对染色体。因此相对于染色体核型分析来说，虽然可以更精确和更精细地对基因进行定位分析，但失去了核型分析的宏观性。因此，在临床应用中，FISH往往与核型分析结合应用。

芯片技术

芯片技术（Array CGH或SNP Array ）， 一种基于芯片平台的全基因组DNA拷贝数变异分析技术。Array CGH是将待测样本和对照正常样本分别用不同颜色的荧光染料标记，和微阵列芯片进行杂交，通过比较染色体上荧光信号的颜色及相对强弱便可判断染色体的拷贝数变化；SNP Array通过分析SNP的杂合性丢失或者杂合性异常快速检测待测样本的拷贝数变化。与荧光原位杂交技术（FISH）相比，芯片技术具有更高的分辨率和灵敏度，全基因组覆盖，一次能检测23对染色体。不过覆盖均一性不好，有的区域容易漏检，检测成本较高，价格昂贵，限制了其在临床的广泛应用。

高通量测序技术