由于自然科学与人类对象世界之间的疏离性、异质性，自然科学本身就不能作为衡量确定性的知识的唯一标准。由此推论，不能将凡是与自然科学范式不同的学术，都看作没有确定性的知识，而将其视为宗教、迷信、巫术一类。在这个语境下讨论中国古代的阴阳五行学说，就有了全新的视角。

现存哲学意义上的阴阳五行说是在《管子》中第一次出现的。严格地说，这个学术应该称为占星学—阴阳五行说。因为，阴阳离不开日月（《管子》有日掌阳，月掌阴之说），五行离不开五星。它们之间水乳交融，不可分离。按照占星学—阴阳五行说的思想，阴阳是宇宙间对立互补的两大势力，表现在自然界和人类社会生活的各个方面，甚至也是人类思维的规律。五行既是宇宙间的五种元素，也是五种力量。五行之间相生相克，相辅相成。阴阳和五行之间有一定的交叉（例如在医学中），但基本是两套话语体系。

五行之说最早见于《尚书·洪范》，但只是指五种材质。阴阳一词也见于《老子》（万物负阴而抱阳），但意思很简单，阴指背阳，阳即是朝阳。《易经》中的卦象最早为数字，称为阴爻阳爻则比较晚。春秋战国之际，主要由于诸侯争霸的政治需要，处于当时学术中心齐国稷下的邹衍及其学派，以敏锐的眼光和高超的智慧，利用上古天文学和素朴的阴阳、五材之说，整合成占星学—阴阳五行学说。这个学说在众说纷纭的诸子之中脱颖而出，一家独大，为秦汉之际几乎所有思想家所接纳、吸收，加以改造、创新，构成了秦汉思想的骨骼和灵魂。首先把邹衍学派思想系统植入的作品是《月令》。《月令》构造了一个完整而又系统的世界图式。而明堂月令之学，不仅盛行于学界，也被秦皇汉武物化到社会生活之中，宗庙、明堂、祭坛如雨后春笋般遍布全国。更为重要的是，以五经博士领衔的全部汉代学术界，把占星学—阴阳五行说整合进入先秦儒家经典五经的解释之中，形成了中国学术史上屈指可数的重镇——两汉经学。

简而言之，从邹衍学派，经过董仲舒、司马迁及整个汉代经学，到《黄帝内经》和《汉书·律历志》，占星学—阴阳五行说所建构的思想体系，从天上七政（日月五星），到地上五行（金木水火土），再到人之五藏（肝肾心脾肺），形成了从天体到人体、宇宙到内脏、宏观到微观的完整世界观。按照这个世界观的描述，人体的血脉、经络、五脏等内在运动，与宇宙天体、自然、社会都和谐一致；从社会制度（礼）到精神情感（乐）、从外在自然世界到内在人体，是一个像人的个体生命一样鲜活灵动的整体。而这个整体中跃动的节奏和心音，则是音乐。如果说，历法从可视与可感的方面（季节变化），反映和揭示了外在自然的节奏与协调，那么音乐（律吕），则是从可听（可意会但不可言传）的方面，昭示了整个宇宙的内在律动和节奏。历与律在根本上是和谐一致的。这是秦汉天人思想的终极形态。

此后，占星学—阴阳五行说渗透在中国的哲学、宗教、艺术、科学等极为广泛的领域之中。在哲学上，董仲舒的天人感应论和全部《易传》的核心观念，即天垂象，圣人则之，是这个学说最典型的疏证。宗教方面，道教之太极图是这个学说的一种图解。艺术上，阴阳动静、虚实相生，是中国诗书画舞蹈音乐的根本旨趣。科学方面，离开阴阳五行理论，所谓经络藏象、虚实干润的中医则荡然无存。甚至体育，从围棋到太极拳术，都体现了占星学—阴阳五行说的思想。不难想象，如果将占星学—阴阳五行说从中国文化中切割出去，源远流长而又灿烂辉煌的中国文化还能留下什么？

同时，汉代经学不仅属于学术界、思想界、政界，还有包括当时全部的教育界。由于汉代经学的巨大历史影响，加上医学、律学、历学的运用，占星学—阴阳五行说被进一步深化到百姓日用而不知的普遍意识之中，为当时从帝王将相到乡里农夫全民共知的东西，也成为中国思想的一个核心密码，遗存在每一个中国人的意识深处。

除了哲学、政治学、历史学、艺术、体育等等，占星学—阴阳五行说衍生了以《黄帝内经》为代表的中国医学。因而，这个学说与自然科学也就有了交集之处。而中医与科学也是西学东渐以来中国学界始终论辩而莫衷一是的问题，当然也是本文绕不过去的一个问题。