可见，由日、月、地形成的阴阳关系，就像基因一样，通过恢恢天网赋予万物万事，将其刻印在它们身上。只不过这种基因不是有形物质，不是分子原子，而是一种运动关系。这种运动关系生存于一切生化过程之内，成显于万物和人的功能结构之中，同时也就决定它（他）们的形体和状貌。

由于天地万物无不含有阴阳基因，因而组成了一个有规律性联系的统一的大家庭。不同事物之间，按同气相求的法则，会交错发生以阳召阳，以阴召阴（《庄子·徐无鬼》）从而相互加强的关系。由是，不同事物的阴阳实际上也会交错发生互根、对待的关系。中医学正是依据天地万物的这种关系，建立自己的治疗和药物理论。选择和炮制自然之物，或创立某种手段，因其性能的阴阳偏向，用以调节和恢复人体的阴阳平衡。中国传统的广义生态学（如堪舆）、农学、建筑工程学、各类管理学等，也利用这种自然存在的关系，为实现最佳目标服务。

西方科学的自然观以物质为宇宙存在的基础，认为宇宙的真正的统一性在于它的物质性，并进而提出物质形态可以相互转化的观念。究其实，西方近现代的物理学、化学、生命科学等，就是以这种观念为基础发展起来的。各学科的具体研究对象不同，但统一的物质概念能够使它们相互沟通。

中国传统的自然观强调一切存在都是变化的存在，宇宙本身就是流形大化，因此以自然状态的运动关系为一切存在的基础。而宇宙真正的统一性，在于万物皆为天道或元气所生所化。天道或元气的实际显现就是复杂多样的运动关系，或称天网。天网中起决定作用的普遍存在的关系，则使各类不同事物相互沟通。

正像西方科学主要研究物质运动和物质形态那样，中国传统科学主要研究天网，着重从中发现起重要作用的普遍性的关系，揭示它们对天地万物的制导和影响。因此中国的认识论势必采取以大观小的自然整体的方法，而不是以小观大的还原方法。

阴阳是意象概念不是抽象概念

天网通过自然状态的现象昭示，现象具有无限的丰富性、复杂性和无限广远的联系。直接承载现象的是物质实体，而物质实体躲在现象背后，所以要把握物质实体就必须将现象在思维中过筛，拨开芜杂，祛除现象中非本质的，即与物质实体非直接性的联系，提取本质性，即与物质实体直接相关的联系。因此，抽象方法成为西方科学的主要思维方法。